Evanjelická cirkev je úzko spätá s udalosťou, ktorá sa odohrala 31.októbra 1517 vo Wittenbergu. Tá dala v podstate podnet k ďalším reakciám a šírenie reformácie sa už nepodarilo zastaviť. Nezostala ani pred bránami Ľubice. Jedným z jej šíriteľov bol Georg Lewdischer, ktorý sa stal prvým evanjelickým farárom po zomrelom katolíckom farárovi Jákobovi Fritzovi. V Ľubici pôsobil od roku 1542 . Aby bola voľba potvrdená Johannom Horváthom, dostal novozvolený duchovný dar v sume 3 dukátov a svojou intervenciou tak isto k potvrdení voľby prispel aj vplyvný levočský šľachtic Johann Bobest. V matrike XXIV mestských farárov vznikol verš na vzniknutú situáciu: "Ver mi, dary obmäkčia ľudí a bohov, dokonca Jupiter dokáže po prijatom byť miernejší."  Po niekoľkých mesiacoch bol Georg Lewdischer obvinený z luteranizmu vlastnými veriacimi a bol pozbavený úradu. 
    Po ňom úrad ľubického farára od roku 1546 zastával Šalamon Regner. Tento najskôr nebol veľkým zástancom reformácie. Bol sa dokonca sťažovať spišskému prepoštovi Jakubovi, že spišská šľachta je najväčším nepriateľom katolíckych kňazov, vyháňa z fár a zamestnáva evanjelikov. Zastával úrad seniora fraternity (bratstvo v náboženskom zmysle) v rokoch 1555 – 1557. Regner sa neskôr pridal k reformácii a zaslúžil sa o posilnenie luteranizmu v Ľubici. Zomrel v roku 1563. Ku evanjelikom sa začali hlásiť masy ľudí, ktorí využívali predtým katolícke kostoly svätého ducha a svätej Márie bez toho, aby v nich došlo k zmenám v interiéry. Takisto prešla pod užívanie evanjelickej cirkvi škola a farský dom až na 125 rokov.       
     Od roku 1564 ako farár pôsobil v Ľubici Vavrinec Serpili, nazývaný aj Quendel, ktorý sprevádzal na ceste do Wittenbergu mladého šľachtica Marka Horvátha na stretnutie s Martinom Lutherom. Bol aj v Augsbugu v roku 1530, kde evanjelici predložili svoje vierovyznanie cisárovi Karolovi V.. Pôsobil v Spišskej Belej (od roku 1545), v 1547 sa oženil s Julianou Rotterovou. 5. Mája 1557 bol Quendel zvolený v Spišskom podhradí za seniora Fraternity farárov 24 spišských miest, o rok neskôr začal pôsobiť ako kazateľ v Levoči, verný svojmu heslu: “Spása, blaho, pokoj.” Znovu do Ľubice sa vrátil po piatich rokoch, kde pôsobil 8 rokov (1564 - 1572). 30. apríla 1572 zomrel a bol pochovaný v kostole v Levoči. Valentín Hortensius bol farárom v Ľubici do roku 1597, ale o jeho pôsobení nie sú nejaké bližšie informácie. 
     Od roku 1597 do roku 1599 bol farárom v Ľubici Peter Turcus - Turek. Po ňom správu fary prevzal Johann Serpilius. Narodil sa v roku 1564 v Ľubici, bol synom skôr uvedeného Laurentia Serpilia a synovcom Valentína Hortentia. Po štúdiách pôsobil ako rektor a diakon vo svojom rodisku, neskôr ako kazateľ v Nálepkove, v roku 1599 sa stal farárom v Ľubici. V roku 1607 bol zvolený za konseniora. V roku 1613 patril ku skupine význámných ľudí, ktorý boli v mene XXIV miest odniesť pri príležitosti svadby kňažnej Ľubomirskej veľmi vzácny kalich. Úrad seniora zastával dvakrát (1619 -1620,1630 -1632). Spolucirkevníkmi bol v roku 1635 obvinený z kryptokalvinizmu (tajné vyznávanie kalvinizmu). Pred cirkevnou vrchnosťou sa však obhájil pravovernosťou svojich vieroučných názorov. Napriek tomu ho ľubovniansky hradný kapitán nechal v roku 1635 uväzniť a drábi vyrabovali faru. Po 6  týždňoch bol prepustený, nesmel však zastávať farársky úrad a bol prinútený žiť v ústraní. Podmienky  ho prinútili k náboženskej spisbe. Napísal Confessio fidei suae, ktoré obsahuje obranu proti obvineniam. Serpilius zomrel v biede na mor (rok 1644).
     V roku 1636 povolali za farára do Ľubice Jána Hellnera. V roku 1642 ho ľubickí veriaci obvinili, že je pijan, nemodlí sa litánie a pri krste vynecháva niektoré modlitby. Preto bol odsúdený na peňažnú pokutu, musel sa zriecť svojho miesta farára a bol uväznený. Mal sa zaviazať, že po prepustení z väzby bude žiť poriadnym životom, ale už nie ako duchovný, ale  obyčajný občan. Od roku 1643 farnosť spravoval Matej Witti. Predtým pôsobil vo Veľkej Lomnici, zastával aj úrad seniora Fraternity 24 spišských miest (1651-1654). Zomrel v Ľubici (1663).
     V tom istom roku začal pôsobiť v Ľubici farár Abrahám Eckhard. Pochádzal zo Sliezska a v skoršom období bol farárom v Prešove. Počas jeho pôsobenia v Ľubici nastala rekatolizácia na celom Spiši i v celom Uhorsku. Najprv musela 26. augusta 1671 evanjelická cirkevná obec v Ľubici odovzdať kostol sv. Ducha (na obrázku). Stanislav Heraclius Ľubomirský zvolal 1674 "Judicium Delegatum" (radu), ktorá pozostávala z týchto členov: Dávid Beleváry, komisár kráľa Leopolda I., Gábor Berthóty Jurat, Peter Mráz, advokát, ako zástupca komitátu, zo strany Poľska Christoph Sudoszki, splnomocnenec Ľubomirských,  Lazinszky a Thomas Abrahamovicz a Johann Olmützer, gróf XIII miest. Predsedajúcim bol Georg Barsóny, ktorý bol biskupom. Pred týmto súdom sa ocitlo 41 evanjelických farárov a diakonov. Potom ako nebolo dovolené obhajcovi  farárovi Jánovi Bayerovi zastávať v spore svojich bratov a aj keď svojimi výpoveďami sa snažili dokázať svoju nevinu, boli nakoniec všetci odsúdení a vyhostení z krajiny kvôli vzbure voči kráľovi. V roku 1674 odišiel Abrahám Eckhard spolu s diakonom Johannom Groszom, so svojou ženou a deťmi do Čiech. Odchádzajúci farár skôr ako opustil obec napísal po latinsky do matriky tieto slová: "V roku 1674, 2. mája, bolo zvestované vyhnanstvo všetkým starostlivcom ľudských duší XIII. miest, aj mne. Nechajte nás odísť, pretože Zem patrí Bohu a všade sme pod ochranou neba. Pomoc vyhnanca bude v tom , že bol vyhnaný. Vyhnancom bol aj Kristus, slušalo nám, byť jeho nasledovníkmi, čím sme aj jeho údmi. Požehnaj Pane, vás, mojich milovaných! Nežiaľte nad mojím odchodom. Trvalí ostaňte vo viere! V blízkom čase sa stretneme, tam vo večnosti! Amen! Dovidenia, buďte požehnaní, čo vás teraz postretne, sa už druhým stalo. Ešte mnohí musia zistiť, že Boh vás chce ochrániť, v nebi sa s ním stretneme. "V tomto období došlo i k rýchlej okupácii všetkých kostolov v trinástich spišských mestách katolíkmi.
      14. mája 1674 bola vo farskom kostole Panny Márie (ma obrázku) prvá katolícka pobožnosť. 4. marca 1676 knieža Ľubomirský nariadil, aby všetci evanjelici špišských miest pri príležitosti veľkonočnej spovede zanechali svoju vieru a navrátili sa do lona katolíckej cirkvi. S týmto nariadením súvisel i zákaz verejných evanjelických bohoslužieb. Po celý tento čas sa nekonali evanjelické bohoslužby, čo bolo prvým utrpením evanjelikov. Ich druhým utrpením boli peňažné a telesné tresty za neúčasť na katolíckych pobožnostiach a za nedodržiavanie katolíckych zvyklostí. Napríklad evanjelici Gašpar Hartsch a Pavol Risch sa ocitli 31. marca na Ľubovnianskom hrade, lebo jedli počas pôstu mäso. 
Risch musel zaplatiť 5 toliarov pokuty, ktorej prvá polovica išla do pokladnice katolíckej cirkvi, tá druhá do pokladnice mestského magistrátu. Jeho žena, ktorá žalobcovi a katolíckemu vikárovi Edmundovi (jezuita) vytrhla mäso z ruky, bola odsúdená a musela sa v nedeľu v strede kostola odprosiť. Hartsch nebol odsúdený, pretože mäso niesol svojej chorej žene v posteli, ktorá mala na to povolenie. 
     7. apríla potrestal Ľubomirský mesto Ľubica pokutou 10 dukátov, pretože na jeseň získali vo voľbách evanjelici 3 mandáty a starosta bol tak isto evanjelik. Zvolení museli ešte zaplatiť po 100 dukátoch. Keby nezložily túto pokutu, mohla sa zvýšiť až na 600 dukátov. 19. apríla kapitán Mossynszky nariadil, že všetok mobilný majetok má byť evanjelickým úradníkom zabratý, keď sa nestanú členmi katolíckej cirkvi. Ešte toho istého dňa si  kapitán Mossnszky prizval na Ľubovniansky hrad úradníkov a vybraných evanjelikov Tobiasa Weisza, Johanna Schimenskeho, Johanna Jachmanna, Johanna Wittiho, Johanna Tobiasa Scholtza, aby sa zodpovedali pred verejným žalobcom za neprestúpenie ku katolíckej cirkvi. Rozhodnutie hradného súdu znelo: "Keďže obžalovaní mali prestúpiť a neurobili to, týmto spôsobom podviedli sudcu, budú z úradov vyhodení a zaplatia pokutu 100 dukátov, na čo majú čas 2 týždne." Pretože Tobias Weisz, Johann Jachmann a Johann Rost mladší prehovorili ostatných, ostať verní učeniu Martina Luthera, museli si odsedieť vo veži ľubovnianskeho hradu 6 týždňov. Viera týchto pánov bola taká silná, že sa dokázali vzdať všetkých postov, ktoré zastávali. Počas pomerov vládnucich v tomto čase a po odovzdaní kostolov nemohla byť v žiadnom prípade reč o vlastnom chráme. Až 20. mája 1685, teda po 20 rokoch prišla čiastočná náboženská sloboda. Ľubovniansky hradný kapitán povolil evanjelikom bohoslužby, ale len v súkromných domoch. Už v nasledujúcom roku bola táto sloboda obmedzená. Evanjelici mohli vykonávať svoje bohoslužby až po katolíckych, nesmeli používať hudobné nástroje, ani hlasito spievať. Nemali dovolené vyučovať katechizmus. Tieto bohoslužby sa konali v dome č. 125, v terajšom obecnom úrade.(na obrázku)
     29. júla 1694 povolil Heraklius Ľubomirský zriadiť modlitebňu pre evanjelické obrady. V Ľubici bola takáto drevená modlitebňa vytvorená v dome číslo 103 na námestí, ktorý patril Ernestíne Grodkofskej. Majiteľka ho venovala pre potreby evanjelickej cirkvi a neskoršie v ňom býval kantor. Pri pohreboch bolo dovolené spievať a vyzváňať. Krstiť a sobášiť sa smeli len katolíci. 14. júna 1700 vydal Strachan, zástupca hradného veliteľa, dekrét, ktorým dovoľoval voľné pôsobenie evanjelickým duchovným a od 10. mája 1701 aj voľné súkromné bohoslužby. 
     Evanjelickým duchovným sa v roku 1701 stal Eliáš Sartorius, ktorý bol predtým farárom v Kežmarku. Zomrel v roku 1702. Jeho nasledovníkom sa stal Daniel Truner, ktorý v roku 1709 odišiel na nové pôsobisko. Johann Virgil Freieisen z Kremnice, ďalší farár, zomrel v roku 1732 a je pochovaný v drevenom kostole.  Johann Simonides odišiel po troch rokoch do Kremnice. Andrej Holvej, syn kazateľa z Vyšnej Slanej, zomrel po pol roku pôsobnosti. Friedrich Lindner, Sas a učiteľ jedného dôstojníka, pôsobil dlhší čas v Ľubici. O týchto duchovných sa nezachovalo väčšie množstvo informácií. 

Pramene